Implementační část SCLLD detailněji popisuje organizační strukturu a procesy uvnitř MAS. Obsahuje informace o způsobu administrace projektů financovaných prostřednictvím SCLLD – o administrativních postupech pro vyhlašování výzev MAS, hodnocení a výběr projektů. Uvádí jak obecné postupy, které jsou společné pro všechny programové rámce, tak i jednotlivá specifika.
V rámci implementace je uveden i proces monitoringu a evaluce projektů. Popisuje se zde také způsob výběru indikátorů, jejichž prostřednictvím se budou projekty hodnotit, i další nezbytné náležitosti (např. udržitelnost, archivace apod.)
Tato část strategie popisuje také projekty spolupráce jak na národní, tak i mezinárodní úrovni vč. přeshraniční spolupráce a zabývá se rovněž jednotlivými animačními aktivitami MAS. Zakončuje ji stručný výhled činnosti po roce 2022.